De geschreven geschiedenis van Marken begint in de 13e eeuw. Marken lag in het uiterste oosten van Waterland; een veengebied waar het land overging in het water van de Zuiderzee. Aan die overgang van veen naar water ontleent het eiland waarschijnlijk zijn naam. 'Marken', of vroeger 'Markaland', is zeer waarschijnlijk een afgeleide van het woord 'mark', in de betekenis van grens. Rond 1232 werd Marken eigendom van dat klooster en de norbertijner monniken bouwden er dijken en zorgden voor een afwateringssysteem. Daarnaast ontwikkelden ze landbouw en veeteelt. Voor het verhandelen van de producten werd een aparte plaats op het vasteland gesticht, toepasselijk Monnickendam genaamd. Een eeuw later kwam Marken in handen van graaf Willem de Vierde van Holland en werden de monniken verdreven. Daarmee kwam een einde aan de welvaart in Waterland. De dijken raakten in verval en talloze overstromingen in de 14e en 15e eeuw maakten landbouw en veeteelt vrijwel onmogelijk.
De toenemende invloed van het water dwong de bewoners op terpen te gaan wonen, ‘werven’ op z’n Markens. In totaal ontstonden er in de Middeleeuwen 27 waarvan er nu nog 12 over zijn. Naast acht bebouwde kunt u de overige vier nog vaag onderscheiden in het open landschap. Alle andere werden verlaten, door brand verwoest of weggespoeld door de zee – Marken was ooit veel groter dan de 250 ha van nu.
In de 19e eeuw raakten de werven volgebouwd met de volledig houten woningen – met als verdere uitbreiding huizen op palen tegen de hellingen en in het open veld. Pas na het aanleggen van de Afsluitdijk kon de ruimte onder deze paalwoningen benut worden en ontstonden de onderhuizen.
Toen overstromingen een einde maakten aan landbouw en veeteelt werd visserij de belangrijkste bron van inkomsten. Omdat de Zuiderzee niet altijd genoeg opleverde om van te kunnen leven, gingen in de 17e en 18e eeuw veel Markers vanuit Enkhuizen naar de Oostzee en ter walvisvaart tot in het Noordpoolgebied. Later monsterden ze vooral aan op de haringbuizen, schepen die op de Noordzee visten.
Toe de afsluitdijk in 1932 werd voltooid, liep het eiland een paar keer per jaar onder water – zout zeewater, waardoor bomen geen kans kregen en het houden van vee vrijwel onmogelijk was. De overstromingen hadden wel als voordeel dat het hooi veel zout bevatte. Dit maakte het minder brandbaar en zeer geschikt als voedsel. Omdat Markers zelf geen vee hadden, vormde de hooihandel een belangrijke bron van inkomsten. In streken zonder gras (Veluwe, Vechtstreek) nam men dit Marker product graag af. De aanleg van de Afsluitdijk maakte een einde aan deze handel.
Omdat landbouw en veeteelt niet mogelijk waren, moesten levensmiddelen als aardappelen, groente, fruit en meel over het water worden aangevoerd. Vanuit Zwartsluis in Overijssel werd turf gevaren, maar de onberekenbare Zuiderzee maakte ook dit tot een gevaarlijke zaak.